La Guerra de los Mil Días (1898–1902) significó una nueva derrota para el Partido Liberal que se enfrentó al gobierno conservador de Manuel Antonio Sanclemente a quien acusaba de autoritario. En general fue también una reacción a la inconformidad liberal por la Constitución de 1886 que derogó el federalismo y la consecuente hegemonía conservadora. Los liberales iniciaron la rebelión con el asalto a Bucaramanga, lo que causó la reacción del gobierno que contaba con un ejército superior. Los liberales solo contaron con fuerzas regulares en los departamentos de Santander y Panamá. En general los liberales no lograron obtener dominio sobre la situación, pero el gobierno recibió duros golpes. Los mismos conservadores, en su afán de poner el orden en el país, se dividieron entre "Históricos" y "Nacionales". Los primeros derrocaron al presidente Sanclemente y posesionaron a José Manuel Marroquín.